上京を夢見て、故郷の小さな街から東京へと飛び出した青年・結城さくや。しかし、彼を待ち受けていたのは、予想だにしなかった現実だった。なんと、恋人の妹が「弟」として、彼の家に居候していたのだ。

さくやは、恋人である美咲との同棲を目指して上京したが、美咲の妹・結愛が「弟」として同居していたことで、計画は大きく狂う。しかも、結愛は幼いながらも、さくやに対して恋心を抱いており、その想いは日に日に強くなっていく。

居候という立場でありながら、二人の関係は微妙なバランスの上に成り立っている。さくやは美咲との関係を大切にしつつ、結愛の想いにどう向き合うべきか葛藤する。一方で、結愛はそんなさくやの気持ちを察しながらも、自分の想いを抑えきれずにいく。

上京という新たな環境、恋人との関係、そして結愛との複雑な思い。さくやは、これらの問題に直面しながらも、少しずつ成長していく。しかし、その先に待っているのは、彼の想像を超えた運命の歯車だった。

「上京居候 彼女の妹が弟で 結城さくや」は、三角関係の葛藤と成長を描く青春ラブストーリー。居候という立場が生み出す微妙な距離感と、それぞれの想いが交錯する中で、さくやは真の自分を見つけていく。